中心下设百色分中心、隆安分中心、横县分中心、崇左分中心（筹）、南宁航道站、航道疏浚处和航道测绘处共7个直属机构。9%以上，党建以及精神文明建设等各方面都取得了突出成效，为加快西江黄金水道建设和沿江经济社会发展贡献了“南宁航道力量”。